研究所严格按照内蒙古自治区教育厅出台的“内蒙古自治区高等学校人文社会科学研究项目管理办法（修订）” 、内蒙古农业大学出台的“内蒙古农业大学哲学社会科学基金项目管理办法”、“内蒙古农业大学校内哲学社会科学基金项目管理办法”对研究所的研究业务进行全面管理；按照“内蒙古财务管理制度”、“内蒙古农业大学科研经费管理办法”等财务管理制度管理研究所经费收支。在此基础上结合研究所的运行特点，逐步建立起了如下管理制度和办法：

（1）内蒙古农村牧区发展研究所提升计划建设实施方案(2013-2015)

（2）内蒙古农村牧区发展研究所研究人员聘任管理办法

（3）内蒙古农村牧区发展研究所后期资助办法

（4）内蒙古农村牧区发展研究所课题申请与管理办法

（5）内蒙古农村牧区发展研究所课题申请书

（6）内蒙古农村牧区发展研究所课题合同书